决口发生乾隆四十六年闰五月二十四至二十六日，山东省降大雨，由此汶河再次涨水三尺余寸，泗河涨水五尺余寸，府河涨水四尺余寸。
黄河水位随之上涨，水势汹涌，致使黄河大溜南趋，二十七日，江苏省邳睢厅黄河南岸魏家庄大堤“外滩先行塌去，直刷堤身，上紧抢护，随抢随塌，溜势日盛，水高堤顶，人力难施”。
六月初一日未时，黄水于该处堤工漫溢，水势约长十余丈。六月初九日，魏家庄大堤漫溢，越堤被冲塌，因涨水汹汹，河水溜势难以抵挡。
魏家庄大堤溃决后，江南河道总督李奉翰将此事上奏朝廷，并将此事告知两江总督萨载，让其来工会同筹办；又组织人力、物力堵塞漫口，并前往该处查明漫口实际情形。
同时在奏折中，李奉翰自请“交部严加治罪”。乾隆帝得知此事后，并未当即对其治罪，而是让其督率文武员弁堵筑决口，迨决口合龙后再行核定功过。
六月二十六日，萨载等奏水势情形时指出，魏家庄“漫口东坝，全河奔注，溜势汹涌，水深三丈以外，现己赶镶八丈，并赶筑坝台以备进埽”，至于徐城志桩，“水势长至一丈三尺。
韩家堂、张家瓦房旧工，俱溃堤塌埽。现在抢护平稳，其漫口下注之水，归入洪泽湖，有长无消。清口已展宽至八十丈。”？此后，黄河水势有增无减。
七月初五，由于万锦滩和沁河水势同时上涨，黄河水势来势汹汹。黄河南岸的祥符汛八堡迤东的焦桥河堤，漫水二十余丈，焦桥口门被刷宽三十余丈。
位于黄河北岸的仪封县曲家楼堤工漫水二十余丈，关家庄、朱家厂、牛家场、青龙岗、大李家滩等处堤工则漫水三四十丈不等，孔家庄口门塌宽一百余丈。
据韩鑠所奏，七月十二日，仪封曲家楼发生漫口，黄河水势再次涨水一尺七寸。仪封县孔家庄“地势兜湾迎溜，逼近河身”，加之近日以来持续有东南风，风势大，故至十三日，黄河溜势全归孔家庄，“水面约宽百余丈，下注曲家楼漫口”。
曲家楼堤工位于黄河北岸，其所处之地，由于土质疏松不能裹头？，故河堤再次塌宽二十余丈。至十四一夜后，黄河水势上涨异常，黄水“壅注而下，塞断三门，水半日不流，遏水高过三门，始冲开堆积柴木，浩瀚东奔”。
黄河南岸的祥符汛八堡迤东的焦桥处黄水漫溢，大堤蛰陷三处，圈堤？被冲塌五处，口门约宽“十余丈至六十余丈不等”。
黄河北岸的曲家楼口门漫水四处，塌宽三四十丈及七十余丈。漫溢的黄水沿着榮华寺、关家庄、朱家场、牛家场等处的河堤，下注青龙岗，青龙岗被冲刷宽深。
孔家庄由于“倒成河”，是时正商议“盘坝堵筑”，怎料突逢“风涌水急”，致使大溜侧注，全部汇注青龙岗。？至此，黄河北岸的洪水全数冲向青龙冈，黄河大堤难以抵御以致溃决，孔家庄漫口移改于青龙岗。
由此而言，乾隆四十六年，黄河于江苏、河南二省内多地发生决口，其中江苏省邳睢厅魏家庄决口、河南省祥符县焦桥漫口均位于黄河南岸，危害相对较小，堵筑也较为容易。
然而随着水势继续增长，黄河于北岸地区的仪封县多处发生漫口，由于东南风盛行，致使黄河水势全注青龙岗，青龙岗堤坝无力支撑，终被冲溃。
黄水流路黄河决口后，查勘黄水漫流情况是必不可少的。尤其是此次决口，水势北趋，危及运道，故乾隆帝屡次下旨令在河官员详细勘察黄水流路情况，对于乾隆帝的担忧，督抚河臣多次进行奏报，言明运河无碍。
致灾程度乾隆四十六年，黄河水灾接连发生，先于江苏省邳睢厅黄河南岸魏家庄漫溢，后于河南省仪封县境内决口二十多处。
七月，适逢强劲的东南风，黄河水势全行冲向青龙岗，青龙岗堤坝不敌来势汹汹的黄水，致被冲塌百余丈。由于青龙岗位于黄河北岸，大堤被冲毁后，黄水顺势北流，经行山东、江苏等省，造成了深重灾难。
首先，江苏位于黄河漫水下注之地，被水多处。江苏省内以丰县、沛县、铜山三县尤重。据萨载所奏，此次黄河青龙岗决口，漫水下注，丰县、沛县以及铜山三县因额临微山湖，随着微山湖水势与日俱增，三县均不同程度被淹。
其中沛县因距微山湖尤近，被淹甚重。沛县城北一带护城堤被冲塌五十余丈。四周城门虽早己关闭，但因水势甚大，黄水从城门其中一处进入，县内由此被淹。
该县县令进城查取“印信及钱粮卷籍等项”时，发现城内水深丈余，城内居民俱迁至高处，搭棚暂住。对于未来得及迁移的居民，官府则准备二百只船，将其运往安全地方。
至于丰县、铜山等县境中位于微山湖附近的各村，亦因“洼地被淹，田庐间有塌没”。据《铜山县志》记载，此次青龙岗决口，铜山县“坏庐舍，溺死人畜无算”。
乾隆四十六年六月，江苏省邳睢厅黄河南岸魏家庄大堤溃决，河南省仪封县境内出现二十多处黄河决口，本就令乾隆帝不解，毕竟距乾隆四十三年黄河仪封十六堡决口合龙仅历一年。
随之而来的青龙岗决口，更是乾隆帝始料未及的。尤其是此次决口，黄水漫溢分流，河南、山东、江苏等省受灾严重，加之决口位于黄河北岸，堵筑尤为艰难。