南普陀寺位于鹭岛东南，五老峰下。五老峰为鹭岛八大名胜之一，称“五老凌霄”，坐山面海，与太武山隔海相望，下有“大石嵌空，其下虚敞”的天然岩洞，据清乾隆《泉州府志》、嘉庆《同安县志》记载：“五代僧清浩所建，其初名泗洲”，说明五代僧清浩就此岩洞结茅住修，该泗洲是为南普陀寺前身发祥地的首称，距今已有多年的历史。故称南普陀寺是鹭岛唯一具有千年历史的古刹。
多年来，南普陀寺的兴革盛衰，均与地方社会不同时代的历史发展密切相关。
唐末五代，随着大批中原移民徙居福建东南沿海地区，土地开发和人口剧增，促成改大同场升级为同安县。在大规模人口迁徙和开发高潮中，有陈、薛两家族跨海首登嘉禾屿（今厦门）拓荒。五代僧清浩亦于此时进入鹭岛，依五老峰岩结茅住修，称“泗洲”。关于“泗洲”的称号有着很多传奇的历史来历。
泗洲和尚为唐朝西域碎叶高僧，与李白同乡。唐高宗龙朔元年（）到江苏洪泽湖畔的泗洲临淮县，建“泗洲院”，弘法传经布道，声名远播。圆寂后，后人为建泗洲塔纪念，李白曾写《僧伽歌》称颂泗洲。相传唐末乾符年间，*巢起义，挥*南下，泗洲佛化身为身披大袈裟的和尚，趺坐于大*进*的大道中。兵将强拉不动，如磐石落根，要求面见*巢。兵将回禀，*巢骑马来见。和尚面劝*巢，应多行善事，勿滥杀无辜。*巢一时性急，挥剑将其斩首，讵料首级落地，跃起自合。*巢大惊，下马谢过，面许所请，挥*绕路而过。后人为纪念泗洲抗暴保民的功德，用大石雕造和尚原形，盘坐于就义址，雕像颈部留有剑砍痕迹。
唐末，中原大乱，王潮兄弟带领大批士族移民入闽。移民们为感念泗洲和尚的大德。在路过的岭头、路口以及居住的村庄，都供有石雕泗洲和尚圣像，作为抗暴安民的神灵。在闽南同安一带移民居住的地方，都建有泗洲院，奉祀“泗洲佛”。据《同安县志》记载该时期建有许多“泗洲”，同安大轮山梵天寺遗址、同安杏果院、北辰岩等都有初称“泗洲”的记载。由此可见，五代僧清浩将他在鹭岛依岩结茅的住所，称为“泗洲”，故清浩应是随中原移民而来的禅师。
清浩之后，及至北宋治平年间（——），方有一位苦修禅行的高僧文翠上人就泗洲旧址住修，改称“无尽岩”。据有关地方史志看来，自唐末五代至元末明初，仅有此两位禅师进岛依岩住修见于历史记载。造成这一历史现象的原因是：鹭岛孤悬海外，海上“往来有风涛之险”，岛上风沙大，水源缺，土地资源贫乏，进岛开发的移民人数不多，社会经济发展相对滞后。直到明代，由于“禁海”，遂将鹭岛列为抗御海寇的海防要塞，在岛上创建中左千户所城，驻扎重兵。于是沿海居民纷纷徙居岛上，开始对鹭岛进行全面开发。这样使流放进岛的觉光和尚，得以应机募化开建普照寺。
摘自《南普陀寺志》之“寺院沿革”